玄野计（浪川大辅 配音）和加藤胜（大里雅史 配音）是小学时代的好友，在一日的偶遇之后，两人为救一只铁轨上的流浪汉而同时命丧黄泉。然而等待着他们的并非虚无，当玄野计睁开眼时，映入他眼帘的居然是一间闻所未闻的高级公寓，他的周围聚集着和他一样迷惘的，互不相识的“死者”们。“你 们的生命已经完结，如何使用你们新的生命，是我的自由”，一个位于房间中央，名叫“GANTZ”的黑色圆球传达了这样的指示。为了活命，他们被迫的参与了各种各样的与外星怪物之间的残酷战斗，每场战斗结束之后，“死者”们会根据在战斗中的表现而得到相应的分数，利用这些分数，“死者”们可以选择实现愿望或是换取强力武器参加下一场战斗，而分数为0的人们，他们面临的，则是可怕的惩罚。“GANTZ”到底是什么？是谁控制着这场血腥的游戏？真的能够复活吗？想要解开这种种疑问，玄野计只有一种选择，那就是战斗到底。

因战争连年，地球环境遭到破坏以致频临灭亡，人类被迫离开地球，五百年来一直生活在巨大太空船内的城市中；主控城市的电脑系统为免人类重蹈覆辙，特意隐瞒实情，让人类生活在虚拟二十世纪的社会中。飙车族矢作省吾从不关心社会及世界事物；他与同伴每天都在玩乐及飙车。直至有一天，他的一位旧朋友把一部神秘的超级电单车留了给他。这部名叫格兰度的超级电单车原来隐藏着一个重大的秘密。利用这部电单车，省吾发现了人类原来一直生活在巨大的太空船内，由一部名叫巴哈姆的超级电脑系统操控着…

日本关东经历了摧毁文明的大地震，这样一个无政府的关东，无数的人间惨剧在不断上演。

ガーランドと出会い、自分たちの住む世界の真実を知り、そして屈辱を味わったあの日々から時を隔て、省吾は世間に背を向けるようにして暴走族の「トラッシュ」に身を寄せていた。世間は情報操作により戦時下とされ、事実、偽りの世界の外では侵略者デザルクとメガゾーンの激しい戦闘が展開されている。そんな時に全ての真実を知る唯一の人物である省吾は、以前Ｂ・Ｄと戦ったことが引き金となったのか、自暴自棄ともとれるような暴走行為を重ねていたのだった。いつものようにアジトで仲間たちと奔放な時を過ごす省吾。そんな時、彼は由唯との再会を果たす。しかし二人の間には、まるで見えない壁が大きく横たわっているかのような重い空気が流れていた。それは、理由も告げずに省吾が由唯の前から姿を消したからなのか。そんな時、突然ラジオからイヴのＳＯＳメッセージが流れてくる。イヴ…７Ｇのオペレーター…そしてガーランド。「よし、リベンジかましてやるぜ！」省吾はトラッシュのメンバーと共に軍部へと殴りこみをかける。失ったガーランドを奪い返すため、そして自分のために。いよいよメガゾーンは未来への迷走を始め、その混迷の色を強めていくのだった。